CharsetConverterっていうアプリケーションを使うと一括でファイルの文字コードを変換出来ます。便利です。
CharsetConverterの特徴
・Shift_JIS、EUC-JP、ISO-2022-JP、Unicode(le)、UTF-8 の相互変換
・変換先改行コードをCR/LF,LF,CRの三種類から指定可能
・Shift_JIS、EUC-JP、ISO-2022-JPでは、ある程度の文字セット判別が可能
・Unicodeテキストファイルでは、先頭のバイトオーダー判別コードからの判別が可能
・コマンドラインからの全自動変換機能
ダウンロードはここ
詳しい説明はここ