レジストリ値の追加や削除はregeditコマンドやスクリプトなんかで簡単に変更出来るんだけど、アクセス権限の書き換えについては自分が調べた中で簡単に書き換えられるものがWindows OS標準構成の中では見つけられませんでした。
Microsoftが提供しているRegini.exeというバイナリもあるんだけど、これもなんだか使いにくくてどうしようかと思っていた時にregperm.exeという便利Toolを見つけて、今はレジストリ値を変更する場合にはこれを主に利用させてもらっています。
regpermの基本構文は以下のように大変シンプルに出来ています。
REGPERM [\\COMPNAME] /K REGKEY /A:: /D:: /R /I /F /S /E /C /Q /?
例えばレジストリキー”HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\hogehoge”に対して”Domain Users”と”Users”を現在のアクセス権限に追加する場合には以下のように入力します。
regperm.exe /K "HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\hogehoge" /A:"Domain Users":F /A:"Users":F /E /R
その他の詳しい利用方法については公式サイトに説明がありますのでそちらを参照してみてください。
参考
Regperm for Win NT/2000/XP