Robocopyを利用して、後からNTFSのアクセス権限のみをコピーする方法です。
うっかりファイルをエクスプローラを利用してコピーすると、アクセス権限がおかしくなってしまう事がありますが、このコマンドを利用すればアクセス権限を修正する事が出来ます。
robocopy source destination /secfix /xo /xn /xc
参考リンク
Robocopy を使用して、ファイルのデータをコピーせずにセキュリティ情報をコピーする方法
http://support.microsoft.com/kb/323275
