Windows PEを常用するのでは無く、あくまでバックアップのためだけに利用されるのであれば、HDDコントローラやLANカードのドライバをインストールするだけで利用出来ると思います。
※もしかすると、これらもインストールする必要も無いのかも知れません。

ドライバがEXEやMSI等でパッケージングされていてINFファイルが抜き出せない場合には、Universal Extractorという解凍ソフトを利用する事で、単体のファイルに展開する事が可能です。

http://www.legroom.net/software/uniextract

peimg /prepは、TechNetによれば、ISOファイルを書きだす直前に実行するようです。
http://technet.microsoft.com/ja-jp/library/cc766160.aspx

目的としては、イメージサイズの最適化と内容のシールでは無いかと考えます。

peimg /prepを実行した後は、以下の操作が出来なくなります。
※但しフォルダの追加等は可能でした。

・オプション機能のインストールまたはアンインストール
・修正プログラムまたは他のサービス パッケージの適用
・言語パックのインストール

どの程度最適化されるのか、試しにWindowsディレクトリに対して、peimg /prepを実行してみたところ、771MB → 293MBまで容量を減らすことが出来ました。
ただし、前述の通り、この操作の後に/install等を実行しようとすると、以下のエラーが表示されインストールは出来なくなります。

“指定されたイメージ ディレクトリは、/PREP コマンドを使用してあらかじめ用意された Windows PE イメージです。”

起動までは確認していないのですが、peimg /prepを実行してもしなくても、コミット後に作成されるWIMファイルに関してはほとんど容量は変わりませんでした。
※ちなみに手元の環境で、peimg /prepしていないWindows PEを起動した時のメモリ使用量は380MBでした。

特にイメージのシーリングを行う必要が無いのであれば、記載いただきましたように、利便性を優先してpeimg /prepを行う必要は特にないと思います。

以上になります、よろしくお願いします。